廈門市兒童醫(yī)院（復旦大學附屬兒科醫(yī)院廈門分院）系廈門市衛(wèi)生健康委員會管理的全民事業(yè)單位，是廈門市委、市政府重大民生工程項目，建設發(fā)展目標是建成集醫(yī)療、教學、科研、預防保健為一體的國內(nèi)一流、省內(nèi)領先的三級甲等兒童?？漆t(yī)院。醫(yī)院由復旦大學附屬兒科醫(yī)院負責管理，秉承“一切為了孩子”的服務理念，努力為兒童提供安全、有效、方便、價廉的醫(yī)療衛(wèi)生服務。

醫(yī)院位于廈門市湖里區(qū)宜賓路92-98號，建筑面積7.39萬平方米。在復旦大學附屬兒科醫(yī)院的引領下，醫(yī)院于2014年6月1日開業(yè)，目前已順利開滿編制床位500張，開設24小時急診、新生兒醫(yī)學中心、兒童重癥醫(yī)學中心、心血管中心、兒童保健中心、康復醫(yī)學中心、內(nèi)鏡中心等41個臨床醫(yī)技科室和新生兒疑難病診治中心、兒童疑難病診治中心、創(chuàng)傷醫(yī)療中心、出生缺陷防治中心、微創(chuàng)中心等學科群；已獲批廈門市新生兒疾病重點實驗室和廈門市新生兒質(zhì)控中心，同時也是先天性心臟病篩查項目管理辦公室掛靠單位、先天性結構畸形救助項目定點醫(yī)療機構、全國兒童惡性腫瘤（實體腫瘤）診療協(xié)作組牽頭單位、罕見病診療協(xié)作網(wǎng)醫(yī)院、新生兒神經(jīng)重癥醫(yī)學專項技術教學培訓基地。各項業(yè)務均平穩(wěn)快速發(fā)展，已基本達到三級甲等兒童醫(yī)院的規(guī)模和學科水平。

廈門市兒童醫(yī)院有復旦大學附屬兒科醫(yī)院黃國英名醫(yī)工作室、周文浩名醫(yī)工作室、鄭珊名醫(yī)工作室，和曹云教授、董巋然教授、黃瑛教授三位特聘主任，以及25位相關專業(yè)學科帶頭人擔任的學術主任。醫(yī)院海納國內(nèi)外兒科領域的10多名專家任學科帶頭人，技術力量雄厚。復旦大學附屬兒科醫(yī)院對廈門分院實行品牌、管理和技術的平移。由復旦大學附屬兒科醫(yī)院托管的廈門市兒童醫(yī)院已成為福建省有重要影響力的兒童專科醫(yī)院。

醫(yī)院硬件設備達到國際一流水平，配有先進的潔凈手術室，3.0T西門子靜音磁共振、64排飛利浦微平板CT、GE等高端彩色多普勒超聲診斷系統(tǒng)、24小時動態(tài)腦電圖、電子胃鏡、腸鏡、3D腹腔鏡、德國布魯克微生物質(zhì)譜儀、串聯(lián)質(zhì)譜儀、DSA（X線血管造影機）、ECMO、體外循環(huán)機等先進診療設備。

醫(yī)院各項高難度業(yè)務服務相繼開展，如：PICU能開展塔尖技術體外膜肺（ECMO），內(nèi)鏡中心開展小兒胃鏡腸鏡技術，新生兒外科開展食道閉鎖、膈疝及肺葉切除等微創(chuàng)手術，小兒神經(jīng)外科開展早產(chǎn)兒高難度手術， NICU開展呼吸支持治療、換血技術和亞低溫治療、NO吸入、CRRT等技術,其中如先天性食道閉鎖的腔鏡手術、膽道手術、早產(chǎn)兒救治都達到了國內(nèi)一流水平。心血管中心已成功開展新生兒、小嬰兒先天性心臟病手術，目前醫(yī)院已建成先心病篩查、診斷、治療及隨訪的一體化體系。新生兒醫(yī)學中心、兒童重癥醫(yī)學中心開通24小時院前轉(zhuǎn)運，已接受廈門市及周邊地區(qū)45家醫(yī)院（包括三級醫(yī)院）轉(zhuǎn)診危重癥患兒5000多名，至今成功率100%。

2019年8月，廈門市衛(wèi)生健康委員會與復旦大學附屬兒科醫(yī)院在上海簽訂了第二輪（2019年-2025年）托管協(xié)議，以建設國家區(qū)域醫(yī)療中心（兒科）為戰(zhàn)略目標。