溫州市中醫(yī)院創(chuàng)建于1923年，醫(yī)院前身是由工商界開明人士蔡冠夫、陳子明、陶履臣等人籌款創(chuàng)辦的“專以施醫(yī)施藥救濟貧病者為宗旨”的醫(yī)療慈善機構——永嘉募辦普安施醫(yī)施藥局。

經過近百年的發(fā)展，醫(yī)院現系國家三級甲等中醫(yī)醫(yī)院，全國“文明單位”、省級“平安醫(yī)院”、“綠色醫(yī)院”，承擔浙南地區(qū)中醫(yī)醫(yī)療、教學、科研、培訓、養(yǎng)生、保健等任務，具有較高的學術水平和良好的社會聲譽。醫(yī)院現有職工1600余人，總占地面積112.77畝，建筑面積13.39萬平方米，擁有六虹橋、景山、水心、大士門、怡福共五個院區(qū),總開放床位超過1400張。2015年11月，組建成立溫州市中醫(yī)醫(yī)療集團，其中下屬緊密型?？漆t(yī)院：文成縣中醫(yī)院、洞頭區(qū)中醫(yī)院；2018年3月，全面托管泰順縣中醫(yī)院。醫(yī)院各大院區(qū)的功能定位為：六虹橋院區(qū)以綜合醫(yī)療服務為主；水心院區(qū)定位為中西醫(yī)結合婦產科醫(yī)院；景山院區(qū)、怡福院區(qū)定位為康復中心；大士門院區(qū)與上海復星集團合作建立溫州老年病醫(yī)院。

2004年醫(yī)院成為浙江中醫(yī)學院、溫州醫(yī)學院和江西中醫(yī)學院的教學醫(yī)院，2008年成為浙江中醫(yī)藥大學附屬醫(yī)院，2015年成為福建中醫(yī)藥大學附屬醫(yī)院。2007年被列為浙江省中醫(yī)藥攀登工程名院建設單位，中醫(yī)婦科、腎病科、肝病科被列為名科建設對象。醫(yī)院學科地區(qū)輻射性強，現有國家級重點?？?個——中醫(yī)婦科、腎病科、康復科、神志病科；省中醫(yī)重點學(專)科9個——中醫(yī)婦科、腎病科、中西醫(yī)結合老年康復科、肝病科、針推康復科、腦病科、脾胃病科（消化科）、骨傷科、護理學；市級重點學科群4個——老年病學科群、康復醫(yī)學學科群、心腦血管學科群、骨傷學科群；市級重點學科8個——心腦血管科、康復科、骨傷科、中西醫(yī)結合乳腺病科、中西醫(yī)結合消化內科、中西醫(yī)結合腫瘤內科、針灸推拿科、檢驗科。保持了在地區(qū)中醫(yī)藥發(fā)展建設中的領先地位。

六虹橋院區(qū)位于六虹橋蛟尾路9號，分為一期和二期工程，總開放床位946張。一期占地面積23畝，建筑面積6.48萬平方米，2015年4月正式開診。二期占地面積17.26畝，建筑面積3.03萬平方米，于2017年10月底投入使用。該院區(qū)服務范圍向西延伸，擁有先進的診療設備，完善的中西醫(yī)結合臨床服務，堅持以中醫(yī)特色為主，中西醫(yī)結合的發(fā)展方向，享有良好的群眾口碑,是醫(yī)院的核心院區(qū)。

景山院區(qū)位于溫州景山公園內，占地面積41.5畝，建筑面積1.1萬平方米，前身為溫州市氣功療養(yǎng)院，1999年整體并入我院，2000年與中國康復研究中心共同創(chuàng)建了“中國康復研究中心溫州分中心”，長期接受中國康復研究中心的業(yè)務指導與技術培訓，是浙江省內規(guī)模較大，科室配置齊全, 設備精良、技術力量較雄厚的綜合性康復中心之一。

水心院區(qū)位于市區(qū)錦繡路，占地面積21畝，建筑面積1.09萬平方米。2013年1月1日，我院兼并溫州市第八人民醫(yī)院后組建水心院區(qū)，開創(chuàng)了我市中醫(yī)醫(yī)院兼并綜合性醫(yī)院的先河，在醫(yī)療資源整合的道路上邁出了跨越式的一步。2015年9月，中醫(yī)婦科門診和病房整體搬遷至水心院區(qū)，并將住院床位擴張至128張。未來水心院區(qū)將打造成為中西醫(yī)結合婦產科醫(yī)院，為呵護女性健康服務。

大士門院區(qū)坐落于溫州市區(qū)風景秀麗的松臺山麓、九山湖畔，占地面積10畝，建筑面積1.58萬平方米。醫(yī)院于1971年從百里西路遷入大士門27號，迎來了發(fā)展的重要時期，醫(yī)院業(yè)務不斷拓展，組織結構逐步完善，在整體規(guī)模、醫(yī)療質量、服務功能、學科建設、人才隊伍等方面都取得了長足的進展。2015年4月醫(yī)院搬遷至六虹橋院區(qū)，大士門院區(qū)與上海復星醫(yī)院投資（集團）有限公司合作創(chuàng)建“溫州老年病醫(yī)院”，以中醫(yī)老年病特色為主要發(fā)展方向。

2017年4月，根據國家中管局《關于促進中醫(yī)藥健康養(yǎng)老服務發(fā)展的實施意見》中關于“要求二級以上中醫(yī)院與養(yǎng)老機構合作，發(fā)展醫(yī)養(yǎng)結合”的精神，為滿足廣大群眾的就醫(yī)和養(yǎng)老需求，我院與景山怡福山莊合作開展醫(yī)養(yǎng)結合項目，2017年11月增設執(zhí)業(yè)地點，開設病區(qū)及門診，分流景山院區(qū)住院病人，同時也為怡福山莊的養(yǎng)老對象提供養(yǎng)生保健、健康管理、慢病診療、康復護理、急救轉診等方面的優(yōu)質服務。