上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院仁濟(jì)醫(yī)院消化學(xué)科是以上海市消化疾病研究所（1984年由江紹基院士和蕭樹(shù)東教授共同創(chuàng)建）的臨床和基礎(chǔ)部分為主體組成。系國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科牽頭單位（1989年起至今）、國(guó)家臨床重點(diǎn)專科）、國(guó)家臨床重點(diǎn)專科（衛(wèi)生部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室）、國(guó)家211工程重點(diǎn)學(xué)科、上海市重點(diǎn)學(xué)科）、衛(wèi)生部消化內(nèi)科重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室）、上海市消化內(nèi)科臨床醫(yī)學(xué)中心和上海市“重中之重”臨床醫(yī)學(xué)中心（A類）、上海市消化內(nèi)科臨床質(zhì)量控制中心。同時(shí)還是中華醫(yī)學(xué)會(huì)消化病學(xué)分會(huì)官方網(wǎng)站《中華消化網(wǎng)》的承擔(dān)單位。消化科現(xiàn)有病床112張（今年下半年將擴(kuò)充至170張）、內(nèi)鏡中心占地3400平方米、實(shí)驗(yàn)室面積1200平方米。學(xué)科中江紹基院士是我國(guó)消化病學(xué)界的中國(guó)工程院院士，曾任三屆中華醫(yī)學(xué)會(huì)消化病學(xué)分會(huì)副主任委員兼《中華消化雜志》總編輯；蕭樹(shù)東教授目前擔(dān)任上海市消化疾病研究所名譽(yù)所長(zhǎng)和前任亞太消化病學(xué)會(huì)主席、曾任中華醫(yī)學(xué)會(huì)消化病分會(huì)主任委員和《中華消化雜志》總編輯。學(xué)科中擁有正高級(jí)職稱員工15人、副高者近20名；博士生導(dǎo)師12人（現(xiàn)職7人）、碩士生導(dǎo)師17人?，F(xiàn)有醫(yī)生56名。2013年消化科門診量35萬(wàn)人次/年、內(nèi)鏡量超過(guò)7萬(wàn)人次/年。

學(xué)科近兩年承擔(dān)國(guó)家級(jí)科研項(xiàng)目每年15項(xiàng)左右（國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目每年均超過(guò)10項(xiàng)。每年以通訊作者單位發(fā)表SCI論文超過(guò)40篇，其中超過(guò)10分的論文8篇，5分以上者近30篇。獲國(guó)家科技進(jìn)步獎(jiǎng)二等獎(jiǎng)2項(xiàng)、三等獎(jiǎng)1項(xiàng)，第2完成單位獲國(guó)家科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)1項(xiàng)；獲中華醫(yī)學(xué)科技一等獎(jiǎng)1項(xiàng)。學(xué)科成員中不乏國(guó)家級(jí)人材培養(yǎng)計(jì)劃入選者，如長(zhǎng)江學(xué)者特聘教授、國(guó)家杰出青年、衛(wèi)生部有突出貢獻(xiàn)的中青年專家、享受國(guó)務(wù)院特殊津貼專家、教育部“新世紀(jì)百千萬(wàn)人才工程國(guó)家級(jí)人選”、教育部“新世紀(jì)優(yōu)秀人才”、上海市東方學(xué)者、上海市曙光學(xué)者、上海市啟明星等。同時(shí)眾多教授在全國(guó)和上海市學(xué)會(huì)中擔(dān)任要職。學(xué)科曾成功地主辦了六屆國(guó)際消化病學(xué)術(shù)大會(huì)，每次到會(huì)演講外國(guó)專家50-100人。還與美國(guó)NIH、密歇根大學(xué)、約翰霍普金斯大學(xué)、荷蘭阿姆斯特丹醫(yī)學(xué)科學(xué)院等具有長(zhǎng)期的友好合作關(guān)系。學(xué)科主辦兩本學(xué)術(shù)刊物：SCI期刊JDigDis目前影響因子1.59，中文核心期刊《胃腸病學(xué)》在國(guó)內(nèi)享有盛譽(yù)。